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编者评论：系统生物学的哲学基础 PDF

《系统生物学的哲学基础》从一个新的角度介绍系统生物学，即通过讨论构成系统生物学的哲学基础来理解系统生物学的内涵和本质。为对系统生物学哲学进行深入、开放的讨论，今天小编为大家准备了系统生物学哲学基础PDF版，欢迎下载

相关内容部分预览

简介

《系统生物学的哲学基础》从一个新的角度介绍系统生物学，即通过讨论构成系统生物学的哲学基础来理解系统生物学的内涵和本质。系统生物学中科学哲学的深度开放式讨论，

详细阐述涉及系统生物学基础的各种哲学问题，以及它与分子生物学的不同之处。作者在本书中进行了许多富有启发性和富有成果的讨论，引导读者思考系统生物学哲学的核心概念。这些对于系统生物学的研究和研究都是非常有益的。

章节目录

解读

关于作者

前言

第 1 部分介绍

1 系统生物学的哲学基础：简介

1.1 系统生物学：一门旨在探索方法论和哲学基础的新科学

1.2 系统生物学

1.3 系统生物学哲学

1.4 系统生物学若干哲学问题简介

1.5 本书的目标和概述

参考文献

第二部分：系统生物学研究程序

2 系统生物学方法

2.1 自然科学各学科的方法论和哲学基础

2.2 生物化学与分子生物学科学地位的局限

2.3 突破限制

2.4 系统生物学方法

谢谢

参考文献

3 哲学思想：方法论

3.1 简介

3.2 通过新陈代谢和系统生理学了解一种复杂的疾病——糖尿病

3.3 MRS 和 MCA 构建成功的系统生物学方法

3.4 结论

参考文献

4 我们如何理解新陈代谢

4.1 简介

4.2 新陈代谢的传统原理

4.3 代谢系统分析的兴起

4.4 我们能像预期的那样理解新陈代谢吗？

4.5 细胞的新陈代谢可以通过模拟来理解吗？

参考文献

5 基于不可靠数据构建可靠模型：从进化和发展的角度解读新系统生物学 (NSB)

5.1 简介

5.2 新系统生物学和进化发育生物学（evoo-devo）

5.3 分析大型系统时的数据可靠性问题

5.4 数据错误和“摩尔系统”属性

5.5 鲁棒性和不确定性控制

5.6 内生持久性

参考文献

第三部分理论与模型

6 系统生物学的机理和机理解释

6.1 简介：机械解释和还原论

6.2 组织级别和解决规模

6.3 lac 操纵子作为机械模型的开发

6.4 机制与出现

6.5 结论：机械解释和系统生物学

参考文献

7 系统生物学的理论、模型和方程

7.1 简介：生物学的理论结构

7.2 动作电位的霍奇金-赫胥黎巨型鱿鱼模型作为系统生物学的经典例子

7.3 Hodgkin-Huxeley 模型的意义及其方法

7.4 从神经科学的角度考虑线虫行为

7.5 Ferree和Lockery模型在线虫趋化性中的应用

7.6 两个系统生物学范式的八个教训

参考文献

8 所有模型都有缺陷

8.1 简介

8.2 建模和建模过程

8.3 分析建模

8.4 综合建模

8.5 综合建模与分析建模

8.6 动力学路径建模

8.7 所有模型都有缺陷

谢谢

参考文献

9 无模型数据与无数据模型的融合

9.1 简介

9.2 本领域基本情况

9.3 系统生物学的第一根：代谢和信号转导途径的模型

9.4 系统生物学的第二根：生物控制论和数学系统分析

9.5 系统生物学的第三根：“组学”

9.6 系统生物学分支：不同根源的融合

9.7 字段结构

9.8 关于自上而下系统生物学的认识论和本体论问题

9.9 结论

参考文献

第 4 部分：生物系统中的组织

10 自合成生化工厂：从系统生物学角度看细胞体

10.1 如何成为系统生物学家

10.2 自生细胞：细胞生物学中的相关性

10.3 物质系统的自主性：对特殊催化的需求

10.4 生命的集合与逻辑

10.5 如何建立自合成工厂

10.6 生命系统的自组装

10.7 贡献

谢谢

参考文献

11 生物起源的系统生物学方法

11.1 简介

11.2 组织视角

11.3 起点：不平凡的自我维持

11.4 NTSM 组织和自治

11.5 历史汇总维度的出现

11.6 达尔文进化论的开放结构

11.7 总结

谢谢

参考文献

12 生物机制：维持自治的组织

12.1 简介

12.2 机构基本概念

12.3 活力论者的挑战

12.4 阶段 1：伯纳德、大炮和控制论

12.5 循环组织和甘蒂化学元

12.6 从 Ganti 的化学家到自治系统

12.7 结论：超越基本自治

参考文献

13 “自组织系统”中功能的消失

参考文献

第五部分结论

14 基于系统生物学的深度思考

14.1 系统生物学是功能和机械生物学，而不是进化生物学

14.2 系统生物学解释通常是机械解释

14.3 其他类型的解释对系统生物学也很重要

14.4 使用模型描述分子机制

14.5 模型和生命系统的非平衡组织

14.6 紧急属性

14.7 系统生物学中的理论和定理

14.8 解释多元主义：不同层次的理论

14.9 什么是生命？

14.10 结论

参考文献

前言

系统生物学是近年来兴起和发展起来的一门新兴学科。系统生物学最简单和流行的定义是在系统层面理解生物现象、功能和机制。它的目标是了解一个有机体的功能特性和行为是如何通过其各种成分的相互作用来实现的。

系统生物学是一门充满活力且不断发展的学科，它将生物学与不同学科的许多其他学科相结合，并在应用这些学科的同时对其进行扩展和延伸。因此，系统生物学已经得出了许多新的科学认识。

可以说，系统生物学在一定程度上将超越这些自然科学，因此对其哲学基础的性质产生了疑问。系统生物学的前提是在生物系统中有一些东西有待挖掘和发现，即

生命系统的某些功能特性不能仅通过传统的分子生物学来发现或理解，因为这些功能特性不存在于单个分子中，而是存在于整个系统中。

Systems Biology: Philosophical Foundations 是第一本关于系统生物学哲学基础的书籍。本书以全新的视角呈现系统生物学，

即通过讨论构成系统生物学的哲学基础来理解系统生物学的内涵和本质。对系统生物学中的科学哲学进行深入、开放式的讨论，详细阐述涉及系统生物学基础的各种哲学问题，

是什么使它与分子生物学如此不同。作者在本书中进行了许多富有启发性和富有成果的讨论，引导读者思考系统生物学哲学的核心概念。这些对于系统生物学的研究和研究都是非常有益的。

本书的翻译工作由生物信息学教育部重点实验室、清华大学生物科学与技术系师生共同完成。苏宇博士、周云博士、陈虎博士、钟山、夏雪峰，

刘克、张松、李硕、李文婷、张婷、罗杰等。本书由孙志荣教授翻译编辑。感谢科学出版社的孙红梅编辑和李晓婷编辑为本书的出版付出的努力。我们希望出版这本书的译本，

可以促进读者对这一新学科的学习和理解，为系统生物学的科学研究和研究人才的培养提供良好的帮助和促进。

由于时间有限，文中一些深刻的英文表达没有仔细考虑，书中难免会出现一些不准确的中文表达。我敦促读者在未来更正它们。